2009年底，农业部为两个转基因水稻品系颁发生产应用安全证书的过程，又一次引发了人们对于转基因食品安全性的忧虑。据报道，至2008年，全球转基因大豆的种植面积已占总面积的70%；转基因玉米的比重，已占到总面积的24%。在我国，则已经有番茄、甜椒、棉花、番木瓜等7个品种的转基因作物被批准进入商业化种植。

主张发展食品转基因，不外乎以下理由：

一是转基因作物可以达到比通常农作物更高的产量，而且抗病、耐旱，发展转基因作物有助于缓解全球性的粮食危机，是“又一次绿色革命”。

二是转基因作物可以实现更高的抗病虫害能力，从而降低化学农药的使用量。

三是转基因作物可能实现食品更高的营养价值或更好的口感。

四是转基因食品具有更强的市场竞争力。

发展转基因作物也许是解决问题的一条途径，但却不能说是最安全的途径。人们对于食品转基因技术的疑虑，主要在于它对人体和环境有没有危害。对人体可能的危害是转基因食品特有的问题，而对环境可能的危害，则是所有转基因技术共有的问题，它包括抗病虫害的转基因作物会不会引发害虫的抗药性、转基因品种培育过程中可能发生的操作失误及对于生物废弃物的不恰当处理。

农业之所以要追求越来越高的产量，为的是适应我们这个星球上愈发不堪承受的人口增长。从上世纪中叶以来，世界人口一直处于非理性的增长状态，但是人类的饥荒或营养不良并没有严重到了要急于动用转基因技术的地步。我们不能用另一种非理性行为来弥补人口增长的非理性。根据水稻专家袁隆平的估计，水稻的增产即使采用非转基因的杂交办法，也还远远没有走到尽头。关键在于我们能不能多想一些办法来遏制人口的增长，而不要只想着用另外的技术来追逐不可遏制的人口增长。

有人问：“一个有农药残留的番茄和一个转基因番茄，你们会选哪一个？”作为生物学家提出这样的问题，尤为不妥。生物技术的误用与化学品误用相比，哪个对人类的危害更大？这是不可一概而论的。在极端情况下，生物技术的误用会危及人类的物种延续，这是当代专家们业已达成的共识。时下一般人尚未警觉生物技术的隐患，主要是由于它与农药等化学品相比，使用范围极其有限。至于说，“目前，我们还没有看到一例因转基因食品而导致的重大安全事件，但我们却看到许多因农药使用不当而造成的环境污染和人员伤亡”，“迄今为止并没有任何有关转基因作物在健康、生物多样性和环境方面存在不良作用的报道”，这不但是因为转基因食品才刚刚进入市场，而且因为生物技术的影响所及更加复杂和悠远，不像化学中毒那样容易在较短时间内发作和被认定。基因是遗传因子，转基因是一种人工干预，它所遵循的不是渐进的自然过程。生物技术的滥用（或操作失误）一旦显现了不良后果，它就如野马脱缰，洪水决堤，奔涌肆虐而无法驾驭。检验转基因食品的安全性，显然不能沿用对一般食品（如化学添加剂的安全性）的检验办法。这不是蓄意要对转基因技术妖魔化，而是因为在技术高度发展的今天，一种技术如使用得当固然可以大大有益于人类，但使用不当也会造成万劫不复的灾难，这恐怕不是危言耸听。

所以，有人说：“转基因食品美国人吃了十几年，从来也没听说美国人吃了这种食品就怎么样了，难道中国人的体质就这么娇弱吗？”这样的质问同样是站不住脚的。食用转基因食品对人类究竟有没有危害，不经过几代人的考验是无法下结论的，当然更加与人们体质的强弱无关，关键是不能用这种粗浅的思路来判断转基因食品是否有害。

还有人从市场竞争的角度提出问题。据说，2008年全球商业化种植转基因作物的国家已增至25个，另有30个国家批准转基因产品进口或进行试验，从产业化初始算起，12年间累计种植面积已超过8亿公顷。转基因大豆的进口，2007年已达3400万吨，超过国内产量的2倍，占全球大豆贸易总量的一半，国内大豆产品加工已为跨国公司所主宰。担心我国因为迟疑不决、起步慢而落后，也是主张发展转基因作物刻不容缓的重要依据。但是，世界各国对于食品转基因问题本来就有不同认识，生物技术事关人类自身的物种质量，我们务必深思熟虑，没有理由一定要追赶世界上最激进的国家。如果头脑发热，人云亦云，不作严格论证，仓促决策，这种态度图一时之利，而对后代不负责任，是断不可取的。

这里有两种逻辑。一种认为，如果科学家没有证据证明转基因作物确实有害，那就应该认为它是安全的。另一种认为，如果科学家没有充足的证据证明转基因作物不会发生有害后果，就不应该轻率地宣布它是安全的。当代的专家们尽管各持己见，但可以达成的一个共识是，大多数转基因食品尚未能从科学原理上被证明为完全无害或确定有害，对于转基因食品的安全性，目前还是一个无法证实也无法证伪的命题。所以，如果按照前一种逻辑，就会主张转基因食品是安全的，而按照后一种逻辑，就会主张转基因食品是不安全的。究竟哪一种逻辑是正确的？要看事情可能引起的危害有多大。如果危害即使发生，也不至于严重，当然不妨采用前一种逻辑；反之如果虽然尚未确认其危害，但是危害万一发生，却可能是严重的，那么采用前一种逻辑就是轻率的。对于转基因食品的问题，显然应该持谨慎态度，采用后一种逻辑才为妥当，特别是人类当前所面临的食品问题，转基因并非惟一可选择的解决办法。人类虽然掌握了转基因技术，但是还远远不能说已经有能力洞悉食品转基因可能发生的悠远影响。开展更多的实验是必要的，但是必须限制在操作者可能掌控的规模内。

主张食品转基因应该缓行，并不是说反对在非食品领域运用转基因技术，例如将转基因技术用于药物的研制。已经规模化种植的转基因棉花也引起了一些争议，但因为棉花不是食品，与转基因食品可行性争议的层面应该有所区别。